Os arquivos .htaccess foram, inicialmente, planejado para controlar o acesso, ele ainda faz isso muito bem, mas ele é largamente utilizado para redirecionamentos.

Você precisa encontrar o arquivo de configuração do Apache…

#
# Família hedhat
#
/etc/httpd/conf/httpd.conf

#
# família Debian
#
/etc/apache2/apache2.conf

Pode haver variações, por exemplo, na minha instalação do Debian 8 o arquivo chamava-se 000-default.conf.

Dentro do arquivo procure pela diretiva <Directory "/var/www/html"> e altere o trecho…

AllowOverride None

para…

AllowOverride All

Reinicie o Apache!

Habilitar o .htaccess é na verdade habilitar o módulo mod_rewrite, então veja o artigo correto sobre como habilitar mod_rewrite no Apache.